Senior bioinformatiker inom cancergenomik med fokus på MRD

Vi söker en disputerad bioinformatiker för att stärka den pågående implementeringen av storskalig DNA-sekvensering inom molekylär precisionsdiagnostik för cancer. Tjänsten har ett särskilt fokus på att etablera ett tumörinformerat MRD (Minimal Residual Disease)-workflow, samtidigt som du blir en del av vårt cancerbioinformatikteam. 

Kom och arbeta hos oss med den senaste tekniken på ett av världens mest avancerade sjukhus!

Du erbjuds

• ett meningsfullt arbete där ditt arbete direkt påverkar patientvården
• en nyckelroll i utvecklingen av framtidens MRD-diagnostik
• möjlighet att växa i ett tvärvetenskapligt team, ha flexibla arbetstider och möjlighet till hybridarbete
• fortbildning och professionell utveckling
• en inkluderande kultur som värdesätter öppenhet, mångfald och respekt 

Självklart får du också ta del av våra generella förmåner som Karolinska Universitetssjukhuset erbjuder dig.

Om tjänsten

Tjänsten är placerad vid Genomic Medicine Center Karolinska (GMCK), som är en del av Medicinsk diagnostik Karolinska (MDK). GMCK ansvarar för att tillhandahålla storskaliga och avancerade genomikanalyser till samtliga laboratoriemedicinska specialiteter inom MDK. Vårt uppdrag är att möjliggöra precisionsdiagnostik genom högkvalitativa genetiska analyser med fokus på klinisk relevans och teknisk spetskompetens.

Du blir en nyckelperson i ett multidisciplinärt team där du arbetar nära läkare, molekylärbiologer, bioinformatiker och mjukvaruutvecklare – både inom sjukhuset och i samarbete med Clinical Genomics vid Science for Life Laboratory (SciLifeLab) samt forskargrupper vid Karolinska Institutet. Med hjälp av den senaste tekniken för storskalig DNA-sekvensering bidrar du till att ta fram träffsäkra molekylära diagnoser som gör verklig skillnad för patienterna.

Du kommer att ha en central roll i ett strategiskt arbete för att utveckla ett tumörinformerat MRD-arbetsflöde. Arbetet syftar till att utvärdera och vid behov vidareutveckla bioinformatiska metoder för detektion av ctDNA, utföra prestandaanalyser och bidrag till validering samt implementering i klinisk rutin.

I rollen kommer du bland annat att:

• bidra till utveckling och utvärdering av bioinformatiska metoder för tumörinformerad MRD-diagnostik
• utveckla och underhålla robusta bioinformatiska produktionspipelines för cancerdiagnostik
• arbeta med storskaliga NGS-data i en klinisk miljö
• validera analysflöden och säkerställa att de uppfyller regulatoriska krav för klinisk användning
• samarbeta tätt med specialister på lab, kliniker och forskare för att förstå behov, prioritera utveckling och säkerställa klinisk relevans
• delta i nationella och internationella samarbeten, såsom Genomic Medicine Sweden
• bidra till kontinuerlig förbättring, kunskapsdelning och innovation i en stöttande, tvärvetenskaplig miljö
• stödja andra projekt inom cancerdiagnostik

Vi söker dig som

• är självständig, strukturerad, analytisk, lösningsorienterad och har ett starkt driv
• kan balansera forskningsnära utveckling med kliniska krav och leveranser
• har en stark teknisk förståelse för bioinformatik inom genomik
• är nyfiken på nya teknologier och vill bidra till framtidens diagnostik inom cancer
• ​​har lätt för att samarbeta och kommunicera med olika yrkesgrupper

Vi tror att mångfald av erfarenheter och perspektiv stärker vårt team och driver innovation. Även om du inte uppfyller alla krav nedan uppmuntrar vi dig att söka om du har rätt driv, kompetens och vilja att lära.

Kvalifikationer

Krav:

• Doktorsexamen (PhD) inom bioinformatik, datavetenskap, bioteknik, biomedicin, cellbiologi, statistik eller liknande
• Dokumenterad erfarenhet av bioinformatik kopplat till NGS-data
• God programmeringsförmåga (t.ex. Python) och vana av Linux-miljöer
• Goda kunskaper i statistik
• Mycket god förmåga att uttrycka dig på engelska, både i tal och skrift

Meriterande:

• Mycket god förståelse för cancergenomik och cancerbiologi
• Postdoktoral erfarenhet inom för tjänsten relevant område
• Erfarenhet av att utveckla och arbeta med bioinformatiska pipelines
• Dokumenterad erfarenhet av arbete med ctDNA, MRD eller liquid biopsy
• Erfarenhet av WGS-data
• Erfarenhet av experimentell design och metodvalidering
• Erfarenhet av versionshantering (t.ex. Git)
• Erfarenhet av Nextflow eller Snakemake eller motsvarande
• Erfarenhet av containertekniker (Docker, Singularity, Podman)
• Erfarenhet av arbete i HPC-miljöer (High Performance Computing)
• Tidigare arbete inom vård, folkhälsa eller regulatoriska miljöer
• God förmåga att uttrycka dig på svenska, både i tal och skrift

Om rekryteringsprocessen

Urval och intervjuer kan komma att ske löpande under ansökningstiden.

I samband med din ansökan behöver du bifoga CV. Istället för ett personligt brev ber vi dig besvara urvalsfrågor samt kort motivera varför du passar för rollen. Att besvara frågorna är en förutsättning för att din ansökan ska anses komplett.

Varmt välkommen med din ansökan - Tillsammans är vi Karolinska!