Bioinformatiker inom cancergenomik till GMCK

Vi söker nu flera bioinformatiker för att stärka den pågående implementeringen av storskalig DNA-sekvensering inom den molekylära precisionsdiagnostiken inom cancer. Vi rekryterar till två olika inriktningar: pipeline- och metodutveckling samt varianttolkning. Kom och arbeta hos oss med den senaste tekniken på ett av världens mest avancerade sjukhus!

Du erbjuds

• ett meningsfullt arbete där ditt arbete direkt påverkar patientvården
• möjlighet att växa i ett tvärvetenskapligt team, ha flexibla arbetstider och möjlighet till hybridarbete
• stöd för fortbildning och professionell utveckling, samt har en inkluderande kultur som värdesätter öppenhet, mångfald och respekt
• en möjlighet att arbeta på ett av världens bästa sjukhus med vård i framkant.

Om tjänsten

Tjänsten är placerad vid Genomic Medicine Center Karolinska (GMCK), som är en del av Medicinsk diagnostik Karolinska (MDK). GMCK ansvarar för att tillhandahålla storskaliga och avancerade genomikanalyser till samtliga laboratoriemedicinska specialiteter inom MDK. Vårt uppdrag är att möjliggöra precisionsdiagnostik genom högkvalitativa genetiska analyser med fokus på klinisk relevans och teknisk spetskompetens.

Du blir en nyckelperson i ett multidisciplinärt team där du arbetar nära läkare, molekylärbiologer, bioinformatiker och mjukvaruutvecklare – både inom sjukhuset och i samarbete med Clinical Genomics vid Science for Life Laboratory (SciLifeLab) samt forskargrupper vid Karolinska Institutet. Med hjälp av den senaste tekniken för storskalig DNA-sekvensering bidrar du till att ta fram träffsäkra molekylära diagnoser som gör verklig skillnad för patienterna.

I rollen kommer du bland annat att:

För alla roller:

• samarbeta tätt med specialister på lab, kliniker och forskare för att förstå behov, prioritera utveckling och säkerställa klinisk relevans
• validera analysflöden och säkerställa att de uppfyller regulatoriska krav för klinisk användning
• bidra till kontinuerlig förbättring, kunskapsdelning och innovation i en stöttande, tvärvetenskaplig miljö
• delta i nationella och internationella samarbeten, såsom Genomic Medicine Sweden

• utveckla och underhålla bioinformatiska pipelines för cancerdiagnostik 
• utveckla nya bioinformatiska analyser inom genomik-baserad cancerdiagnostik

Varianttolkning:

• analysera och rapportera olika typer av genomikanalyser i samarbete med klinisk patologi
• tolka somatiska varianter för diagnostiska ändamål

Vi söker dig som

• är självständig, initiativtagande och har ett strukturerat arbetssätt
• trivs med att samarbeta i team och har lätt för att bygga goda relationer
• har en stark teknisk förståelse för bioinformatik inom genomik och ett genuint intresse för att bidra till framtidens diagnostik inom cancer.

Vi tror att mångfald av erfarenheter och perspektiv stärker vårt team och driver innovation. Även om du inte uppfyller alla krav nedan uppmuntrar vi dig att söka om du har rätt driv, kompetens och vilja att lära.

Kvalifikationer

Generella krav:

• Magister eller ingenjörsexamen i bioinformatik, datavetenskap, bioteknik, biomedicin, cell biologi eller motsvarande högskoleutbildning
• Erfarenhet av bioinformatik kopplat till storskalig DNA-sekvensering (NGS) 
• Mycket god förmåga att uttrycka dig på engelska, både i tal och skrift

Ytterligare krav för pipeline och metodutveckling:

• Goda programmeringskunskaper i Python 
• Goda kunskaper i Linux 
• Erfarenhet av versionshantering (t.ex. Git) 
• Erfarenhet av Nextflow eller Snakemake eller motsvarande 

Ytterligare krav för varianttolkning:

• Mycket god förståelse för cancergenomik och cancerbiologi
• Kunskap om verktyg för variantannotering och klinisk tolkning

Meriterande kvalifikationer:

• God förståelse för cancergenomik och cancerbiologi
• Kunskap om verktyg för variantannotering och klinisk tolkning
• Doktorsexamen inom bioinformatik, bioteknik, medicin eller liknande område
• Erfarenhet av containertekniker (Docker, Singularity, Podman) 
• Erfarenhet av arbete i HPC-miljöer (High Performance Computing)
• Erfarenhet av automatiserad testning, CI och strukturerad kod
• Erfarenhet av statistisk analys, dataanalys och experimentell design
• Tidigare arbete inom vård, folkhälsa eller regulatoriska miljöer
• God förmåga att uttrycka dig på svenska, både i tal och skrift

Om rekryteringsprocessen

I samband med din ansökan behöver du bifoga CV. Istället för ett personligt brev ber vi dig besvara urvalsfrågor samt kort motivera varför du passar för rollen. Att besvara frågorna är en förutsättning för att din ansökan ska anses komplett.

Varmt välkommen med din ansökan - Tillsammans är vi Karolinska!